La espiritualidad benedictina impregna todo el proyecto educativo de la Escolanía. San Benito nos enseña en su regla para monjes a poner todo el cuidado en el servicio de Dios, en la liturgia, y así buscamos transmitírselo a nuestros escolanes. La Santa Misa es, verdaderamente, lo más importante y el centro del día en nuestro colegio. Los escolanes saben bien que cantan para el Señor y que su canto es, ante todo, oración.
La búsqueda de Dios, el quaerere Deum, propio de la tradición benedictina, unifica y da sentido al proyecto educativo de la Escolanía. Tanto la formación musical como académica tienen como fin último acercar al alumno más a Dios.
A lo largo de sus años en la Escolanía, por medio de las catequesis y las clases de religión, los alumnos adquieren un amplio conocimiento de la Orden Benedictina, de su fundador, san Benito, y de sus santos más importantes. Los más mayores también aprenden su espiritualidad, fundada en la lectio divina de la Sagrada Escritura, en los Padres de la Iglesia y, sobre todo, en la liturgia.