En la Escolanía se puede cursar todo el ciclo completo de secundaria, desde 1º hasta 4º de ESO. Durante estos años, la formación musical de los alumnos crece notablemente, tanto en instrumento como en canto coral, gregoriano y polifónico, y desarrollan enormemente sus capacidades. Además, durante esta etapa comienza una formación en humanidades más intensa, con clases de latín, historia y filosofía.
La formación espiritual también ocupa un lugar central durante esta etapa. Los alumnos reciben el sacramento de la Confirmación en la Basílica y las catequesis previas para acceder a él son impartidas por los monjes. A partir de 1º de ESO los alumnos tienen la opción de hacer retiros en la Abadía benedictina.